ลักษณะเครื่องหมายของมหาวิทยาลัยหาดใหญ่ เป็นลักษณะรูปอาร์มโดยมีชื่อมหาวิทยาลัยอยู่ด้านล่าง และมีกระถางคบเพลิงอยู่ด้านบน ภายในรูปอาร์มมีสัญลักษณ์ต้นมะหาด หนังสือและธรรมจักร
"ธรรมจักร" เป็นสัญลักษณ์ของธรรมะ คุณงามความดี มหาวิทยาลัยหาดใหญ่ตระหนักถึงธรรมะอันพึงมี ของนักศึกษาเป็นพื้นฐานของการดำรงชีวิตที่สมบูรณ์ในสังคม
"คบเพลิง" เปรียบเสมือนแสงสว่างแห่งปัญญาและความสำเร็จ ทางมหาวิทยาลัยมีความมุ่งมั่นที่จะจุดประกาย ทางความคิดให้เกิดแสงสว่างแห่งปัญญา
"หนังสือ" เป็นสัญลักษณ์ของขุมทรัพย์ทางปัญญาเป็นแหล่งความรู้ ก่อให้เกิดพลังทางปัญญาและพลังทางความคิด
"ต้นมะหาด" เป็นสัญลักษณ์ของตำนานชื่อ อำเภอหาดใหญ่ จากคำบอกเล่าของบรรพบุรุษ
" สีน้ำเงิน"
" สีขาว"
" สีแดง"
สีน้ำเงิน หมายถึง ความกล้าหาญ แข็งแกร่ง
สีขาว หมายถึง ความบริสุทธิ์ คุณธรรมและจริยธรรม
สีแดง หมายถึง ความรัก ความสามัคคี การเสียสละ
ความหมายของ"หาดใหญ่"มาจากคำว่า มะหาด+ใหญ่ หมายถึง ต้นไม้ชนิดหนึ่งเป็นต้นสูงใหญ่ ชื่อมะหาด ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ และเครื่องหมายของหมู่บ้าน และในที่สุดชื่อนั้น ก็ใช้มาจนถึงทุกวันนี้ในชื่อ อำเภอหาดใหญ่ และในขณะเดียวกันมหาวิทยาลัยหาดใหญ่ คำนึงถึงผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ต้นมะหาดจึงเป็นสัญลักษณ์แห่งการรักษาสิ่งแวดล้อม
ความหมายโดยรวม คือ มหาวิทยาลัยหาดใหญ่ มีเจตนารมณ์อันแน่วแน่ที่จะพัฒนา เยาวชนของชาติ ในการศึกษาระดับสูงควบคู่ไปกับการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมของชาติ การรักษาสิ่งแวดล้อมตลอดจนการให้เยาวชน ได้ระลึกถึงการนำ ความรู้ ความสามารถและคุณธรรมไป ใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุดแก่ตนเองและส่วนรวม
ชื่อพันธุ์ไม้ประจำสถาบัน “ต้นมะหาด” วัตถุประสงค์ในการเลือกพันธุ์ไม้
1. ตามประวัติของเมืองหาดใหญ่ เล่าขานกันว่ามาจากชื่อหาดทรายขาวที่มีอาณาบริเวณกว้างขวาง ริมคลองอู่ตะเภา หรืออาจจะมาจากชื่อต้นมะหาดขนาดใหญ่ที่เป็นตำนานทำให้เรียกกันว่า หาดใหญ่
2. เป็นไม้ประจำถิ่น
3. เป็นไม้เนื้อแข็งที่มีประโยชน์ทางเศรษฐกิจ
4. เป็นพืชสมุนไพรชนิดหนึ่งของไทย มีสรรพคุณทางยาและเครื่องสำอาง ใช้ประโยชน์ได้ตั้งแต่ รากจนถึงผลสุก
เป็นสัญลักษณ์ของตำนานชื่ออำเภอหาดใหญ่ จากคำบอกเล่าของบรรพบุรุษว่าความหมาย “หาดใหญ่” มาจากคำว่า มะหาด+ใหญ่ หมายถึง ต้นไม้ชนิดหนึ่งเป็นต้นสูงใหญ่ชื่อมะหาด ซึ่งเป็นสัญลักษณ์และเครื่องหมายของหมู่บ้าน และในที่สุดชื่อนั้นก็ใช้มาจนถึงทุกวันนี้ในชื่ออำเภอหาดใหญ่ และในขณะเดียวกันมหาวิทยาลัยหาดใหญ่ คำนึงถึงผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ต้นมะหาดจึงเป็นสัญลักษณ์แห่งการรักษาสิ่งแวดล้อม
เครื่องหมายของมหาวิทยาลัยหาดใหญ่ จึงหมายถึง การมีเจตนารมณ์แน่วแน่ที่จะพัฒนาเยาวชนของชาติในการศึกษาระดับสูงควบคู่ไปกับการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมของชาติ และการรักษาสิ่งแวดล้อม ตลอดจนการให้เยาวชนได้ระลึกถึงการนำความรู้ ความสามารถ และคุณธรรมไปใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุดแก่ตนเองและส่วนรวม